Eesti Muuseumiühingu üks mõnusamaid rolle on kolleegide tunnustamine. Koostöös Muinsuskaitseameti ja Eesti Kultuurkapitaliga anname välja Eesti muuseumide aastaauhindu ehk Muuseumirotte. Aastaauhindade konkursi eesmärk on tunnustada parimaid muuseumivaldkonna asjatundjaid ning tuua avalikkuse jaoks rohkem esile muuseumitöö erinevaid tahke. Muuseumiroti auhinnakategooriad on aasta näitus, teadustrükis, teadusüritus, muuseumiuuendaja, kogukonna sõber, konserveerimistöö, muuseumikogu arendaja, turundustegu ja muuseumihariduse edendaja. Võitjale on Eesti Kultuurkapitali toel välja pandud rahaline preemia 1500 eurot, mille eesmärk on toetada erialast enesetäiendamist. Kõigile võitjatele kingitakse skulptor Tiiu Kirsipuu loodud pisikesed Muuseumiroti kujud, rändauhinnana jääb ringlema suur Muuseumirott aasta näituse kategooria võitjale. Kõige külastajasõbralikuma muuseumi auhinna Rotilõks annab ka sellel aastal omalt poolt välja EASi ja Kredexi ühendasutuse turismiosakond. Eesti Muuseumiühing annab auhinnagalal välja eripreemia “Aasta muuseumitöötaja ehk Terava Pliiats“, mille eesmärgiks on märgata, tunnustada ja väärtustada muuseumides töötavaid kolleege.

Igal teisel aastal korraldab Eesti Muuseumiühing EMMA ehk Eesti MuuseumiMeene Auhinna konkurssi. Konkursi eesmärk on inspireerida muuseume enam mõtlema meenele kui turundusartiklile. EMMA auhinnafondi toetab Eesti Kultuurkapital.